Промышленные компьютеры имеют не только технические и защитные отличия от своих офисных собратьев, но и весьма значительные отличия в части программного обеспечения.

Отличия, главным образом, заключаются в интеграции систем под нужды производства, которые конечно не предусмотрены в обычных вариантах систем. Программное обеспечение промышленных компьютеров направлено на работу с большим объемом информации, которая поступает с большого количества источников, а также, непосредственно интеграцию с этими самыми источниками. Так программные системы промышленных компьютеров должны одновременно считывать параметры (скажем, детали на линии), посредством сканера, и сверять ее с базой данных, после чего в случае надобности, вносить коррективы, если произошло какое-либо несоответствие.

Чаще всего программное обеспечение создается отдельно под каждый индивидуальный случай. Связано это с тем, что каждое производство имеет свои индивидуальные особенности, а также «секреты», которые не предусмотрены в стандартном программном обеспечении. Это является залогом конфиденциальности. Но несмотря на это, существует масса систем –конструкторов пакеты программного обеспечения совместимые между собой и непосредственно вашим промышленным компьютером), позволяющих при определенных технических знаниях собрать себе систему из стандартных компонентов.